Bereits 1947 hatte Muxeneder in dem Streifen "Maresi" eine kleine Rolle übernommen, in den 1950er und 1960er Jahren trat er in unzähligen Unterhaltungs- und Heimatfilmen mit vielen profilierten Nebenrollen auf, gab meist das bayerische "Urviech" und avancierte zum beliebten Leinwandkomiker. Er war beispielsweise Stallbursche, Hausknecht, Amtsdiener, Hausmeister, Obergefreiter, Musketier, Bürgermeister oder Gendarm, mimte überwiegend den Spaßmacher und den pfiffig-verschlagenen Deppen "vom Dienst". Man sah ihn beispielsweise 1958 in "Liebe, Mädchen und Soldaten"¹⁾, ein Jahr später in "Mikosch, der Stolz der Kompanie"¹⁾. In der "Heinz Rühmann-Fassung" von "Der Brave Soldat Schwejk"¹⁾ agierte Muxeneder 1960 als dessen Prager Stammtisch-Kumpel "Woditschka" und 1963 wirkte er neben Peter Alexander in "Schwejks Flegeljahre"¹⁾ als Feldwebel Kotorek mit.  
Muxeneder war allerdings in seinen Rollen oftmals nicht sehr wählerisch und auch in den seichten Sex-Filmstreifen der 1970er Jahre wie "Liebesgrüße aus der Lederhose" übernahm er so manche dümmliche Rolle, die seinen schauspielerischen Talenten nicht gerecht wurde. 
Während seiner Karriere als Filmschauspieler wirkte er in über 200 Produktionen mit und auch die Fernsehzuschauer erlebten den Schauspieler neben Auftritten beim "Komödienstadel" in TV-Serien wie "Königlich Bayerisches Amtsgericht"¹⁾, "Meister Eder und sein Pumuckl"¹⁾ oder "Klimbim"¹⁾.
  
Franz Muxeneder starb am 3. Januar 1988 mit 67 Jahren in München; seine letzte Ruhe fand er auf dem dem Salzburger Kommunalfriedhof → Foto der Grabstelle bei knerger.de.