1958 flüchtete Horst Naumann gemeinsam mit Ehefrau Christa in die Bundesrepublik, da ihn die Stasi unter Druck gesetzt hatte, Rollen in Propagandafilmen zu übernehmen. Rasch konnte der Schauspieler im "Westen" sowohl auf der Bühne als auch im Film an seine früheren Erfolge anknüpfen. Außerdem machte er sich mit Regiearbeiten einen Namen, übernahm Aufgaben als Synchronsprecher beispielsweise für Lex Barker, Leslie Nielsen, Sean Connery oder Pierre Mondy und war auch bald vom Fernsehbildschirm nicht mehr wegzudenken. Sein Rollenrepertoire ist breit gefächert, reicht vom vom Krimi über die Komödie bis hin zum Heimatfilm.
Die Kinozuschauer erlebten ihn meist in profilierten Nebenrollen, so beispielsweise 1958 als Ingenieur in dem Kriegsdrama "U47 – Kapitänleutnant Prien"¹⁾ neben Dieter Eppler und Joachim Fuchsberger, ein Jahr später als Kriminalassistent Thiel in "Am Tag, als der Regen kam"¹⁾. 1960  mimte er an der Seite von Marianne Hold den Martin in "Schick deine Frau nicht nach Italien" oder 1961 einen Sprachlehrer in dem Streifen "Am Sonntag will mein Süsser mit mir segeln gehn". 1968 stand er neben Curd Jürgens in "Der Arzt von St. Pauli" vor der Kamera, spielte in dem Jerry-Cotton-Film "Todesschüsse am Broadway"¹⁾  den Bandenchef Woody Davis, ein Jahr später den "Bobowsky" in "Auf der Reeperbahn nachts um halb eins".

Ab den 1970er Jahren übernahm Naumann noch hin und wieder kleinere Rollen in Kinoproduktionen, sein Hauptbetätigungsfeld wurde jedoch das Fernsehen. 1970 überzeugte Naumann mit der Titelfigur in Rudolf Nussgrubers Dokumentarspiel "Claus Graf Stauffenberg ´– Porträt eines Attentäters", man sah ihn in unter anderem in mehreren "Tatort"-Folgen oder in der Serie "St. Pauli Landungsbrücken". Mit seiner Dauerrolle des Schiffsarztes Dr. Schröder erlangte er dann ab der zweiten Staffel (ab 1983) in der beliebten ZDF-Reihe "Das Traumschiff"¹⁾ eine ungeheure Popularität, eine Rolle, die ihn fast drei Jahrzehnte nicht losließ und mit der er ein Millionenpublikum erreichte. Diese Figur mimte er seit 2007 auch in dem "Traumschiff"-Ableger "Kreuzfahrt ins Glück"¹⁾. Anfang Februar 2010 ging durch die Presse, der Schauspieler gehe Ende des Jahres endgültig "von Bord", am 26. Dezember 2010 war Naumann er in der Folge "Panama" letztmalig Mal als Schiffsarzt Dr. Schröder zu sehen. Schauspieler Nick Wilder trat im Januar 2011 als Schiffsarzt Dr. Wolf Sander Naumanns Nachfolge an.
Auch als Dr. Horst Römer machte Naumann Mitte der 1980er Jahre in der "Schwarzwaldklinik"¹⁾ eine gute Figur, so war es selbstverständlich, dass er 2005 in "Schwarzwaldklinik – Die nächste Generation" mit von der Partie war. In den 1990ern sah man den zum Serienstar avancierten Schauspieler aber auch in Fernsehspielen wie "Gabriellas Rache" (1994) oder mit Gastauftritten in so beliebten Reihen wie "Klinik unter Palmen" (1996) oder "Stubbe: Von Fall zu Fall" (1995/96). Zuletzt mimte Horst Naumann am 18. Dezember 2010 den energischen Albert, treuer Butler des insolventen Lord Woxter (Friedrich von Thun), in dem ZDF-Sonntagsfilm "Lords lügen nicht" nach einer Kurzgeschichte der britischen Bestsellerautorin Rosamunde Pilcher.