Das bewegte Privatleben der inzwischen über 75-jährigen Rock-Legende, besonders seine Vorliebe für junge Mädchen, war stets ein gefundenes Fressen für die Presse: Im Dezember 1957 hatte der 22-Jährige in dritter Ehe seine 13-jährige Cousine zweiten Grades, Myra Gale Brown, geheiratet und die britischen Medien "zerrissen" ihn während einer Konzerttournee. Dass Lewis sich angeblich von seiner zweiten Frau nicht hatte scheiden lassen, bevor er Myra heiratete, gab der Öffentlichkeit weitere Nahrung: Im Februar 1952 hatte er der minderjährigen Dorothy Barton das Ja-Wort gegeben, wenige Monate später erfolgte Anfang Oktober 1953 die Scheidung. Noch bevor die Scheidung rechtskräftig wurde ehelichte er im September 1953 die blutjunge Jane Mitchum, mit der er bis Mitte Mai 1958 offiziell verheiratet war, bereits 1957 war die Trennung erfolgt. Aus der Verbindung stammte der 1954 geborene Sohn Jerry Lee Junior, der am 13. November 1973 mit nur 19 Jahren bei einem Autounfall ums Leben kam, ein weiterer Sohn, Ronnie Guy Lewis, erblickte Mitte März 1956 das Licht der Welt.
Lewis musste seine England-Tournee abrechen und zurück in den USA wurden seine Songs von den Rundfunkanstalten boykotiert, seine Plattenfirma trennte sich von ihm. Obwohl Lewis zu einer anderen Firma wechselte, seinen Stil änderte und zur Country-Music wechselte, stellte sich der ehemalige Erfolg nicht mehr ein; Lewis tingelte mehr oder weniger erfolglos durch die Lande. Er machte mit Skandalgeschichten Schlagzeilen, kam wegen Steuer- und Drogenvergehen mit dem Gesetz in Konflikt und musste privat mit Schicksalsschlägen fertig werden: Ende Februar 1959 war Sohn Steve Allen (aus der Ehe mit Myra Gail Brown) zur Welt gekommen, vier Jahre später ertrank das Kind am 22. April 1963 im Swimming-Pool der Familie; Tochter Phoebe Allan Lewis kam Ende August 1963 zur Welt. Nach der bereits einige Monate zuvor vollzogenen Trennung ließ Lewis sich im Mai 1971 von seiner Frau Myra scheiden. Im Oktober 1971 heiratete er in vierter Ehe Jaren Pate, die Scheidung soll 1973 erfolgt sein. Auch das Leben von Lewis' Exfrau Jaren endete tragisch, sie ertrank 1982 im Swimmingpool.
1981 wurde Lewis aufgrund seines angegriffenen Magens – hervorgerufen durch seine Drogensucht – ins Krankenhaus von Memphis eingeliefert und der Sänger entging bei einer Notoperation nur knapp dem Tode. Er erholte sich wieder, tourte wieder voll Energie durchs Land und ging Anfang Juni 1983 die fünfte Ehe mit Shawn Stephens ein, noch im gleichen Jahr starb seine Frau nach nur dreimonatiger Ehe im August 1983 an einer Überdosis Drogen. Ehefrau Nummer 6 wurde anschließend am 24. April 1984 die damals 22-jährige Kerrie McCarver, von der er sich nach über 20 Jahren am 15.Juni 2005 offiziell trennte; aus der Ehe stammt der 1987 geborene gemeinsame Sohn Jerry Lee Lewis III. Aus der Beziehung zu Bonny Lee Bakley⁴⁾ (1956 – 2001) soll angeblich die Ende Juli 1993 geborene Tochter Jeri Lee Lewis stammen.⁵⁾⁶⁾

1986 wurde Jerry Lee Lewis als einer der ersten in die "Rock and Roll Hall of Fame"¹⁾ aufgenommen; zusammen mit Chuck Berry, Little Richard und Elvis Presley gilt er als einer der "Väter des "Rock & Roll". Am 13.2.2005 konnte Jerry Lee Lewis einen "Grammy" für sein Lebenswerk entgegen nehmen.
1989 wurde sein Leben unter dem Titel "Great Balls Of Fire!"¹⁾ mit Dennis Quaid in der Hauptrolle verfilmt, Lewis selbst veröffentlichte 1993 seine Autobiografie "Killer".