Ende 1938 wurde die Schauspielerin aus Deutschland ausgewiesen und sie kehrte in ihre Heimat zurück. Dort filmte sie unter großen Schwierigkeiten weiter, verließ die Tschechoslowakei dann 1941, als die Deutschen ihre Heimat besetzten, ging nach Italien und drehte dort unter anderem 1943 den Raffael-Film "La fornarina".
Nach Kriegsende wurde sie von den Tschechen wegen Kollaboration mit den Nazis und als Spionin angeklagt und für 18 Monate in das berüchtigte Gefängnis Pancrac inhaftiert. Erst Ende 1946 ließ man sie frei, wenig später heiratete Lída Baarová den früheren Direktor der Prager Staatsoper Jan Kopecký, einen Verwandten des kommunistischen Innenministers, und zog mit ihm unter abenteuerlichen Umständen zunächst nach Argentinien, später nach Spanien.
Ab 1950 ging Lída Baarová wieder nach Italien, drehte dort einige Filme und versuchte vergeblich als Schauspielerin wieder Fuß zu fassen. Lediglich in dem 1953 von Fellini gedrehten ersten Meisterwerk "I vitelloni"⁴⁾ (Die Müßiggänger) konnte sie an alte Erfolge anknüpfen. 1956 ließ sie sich von Jan Kopecký scheiden, zog ins österreichische Salzburg und erhielt ein Engagement am Theater.
Anfang der 1960er Jahre war die Baarová erstmals auch wieder in Boulevardstücken auf deutschen Bühnen zu sehen, so in Düsseldorf, Heidelberg und Bad Godesberg – doch immer noch schlugen ihr Ressentiments entgegen. 1975 engagierte sie Rainer Werner Fassbinder für sein Stück "Die bitteren Tränen der Petra von Kant"; es sollte der letzte Triumph ihrer wechselvollen Karriere sein.

Lída Baarová, die nach langjähriger Beziehung seit 1972 bis zu dessen Tod 1980 mit dem schwedischen Professor Kurt Lundwall verheiratet war, starb am 28. Oktober 2000 mit 86 Jahren – von den Medien fast unbeachtet – nach langer Krankheit in Salzburg. Ihre letzten Jahre verbrachte der einst an Luxus gewöhnte Ufa-Star vereinsamt, von der Parkinsonschen Krankheit gezeichnet in ihrer Salzburger Wohnung und lebte von einer bescheidenen Rente. Sie wurde auf eigenen Wunsch in ihrer Geburtsstadt Prag beigesetzt.
Nach dem Tod der Künstlerin wurden im Februar 2001 im Koblenzer Verlag "Kettermann und Schmidt" die Memoiren "Lida Baarova: Die süße Bitterkeit meines Lebens" veröffentlicht, die die einstige Filmdiva bereits 1995 geschrieben hatte; damals fand sie jedoch kein Verleger für ihre Lebensgeschichte.
Ihr Leben war abenteuerlicher als ihre Filmrollen. Dennoch beeindruckte die schöne Frau mit der dunklen Stimme und den großen, melancholischen Augen auf der Leinwand an der Seite von Teufelskerlen und Patrioten, sie liebte auch Verräter leidenschaftlich. Blonde Konkurrentinnen hatten gegen diese luxuriöse, exotische, ausländische Variante des Vamps, die junge Russinnen, Italienerinnen, Französinnen oder litauische Prinzessinnen spielte, ebensowenig eine Chance, wie der sie liebende deutsche Leinwandheld seiner Zeit.⁵⁾