In dem 1980er Jahren drehte Hackman eine Reihe von Filmen, die jedoch nicht unbedingt zu den Kino-Highlights gehörten. 1988 kam dann wieder ein internationaler Erfolg mit Alan Parkers "Mississippi Burning"¹⁾ (Mississippi Burning – Die Wurzel des Hasses²⁾). Für seine Darstellung des starrköpfigen, mit allen Wassern gewaschenen FBI-Agenten Rupert Anderson erhielt Hackman eine Oscar-Nominierung sowie den Darstellerpreis in Berlin. Zusammen mit dem ebenfalls glänzend aufspielenden Willem Dafoe als Agent Ward deckte Hackman in diesem Film das mysteriöse Verschwinden von drei farbigen Bürgerrechtlern auf. Der Film thematisiert die Ermordung der drei amerikanischen Bürgerrechtlern James Earl Chaney¹⁾, Michael Schwerner¹⁾ und Andrew Goodman¹⁾ in Neshoba County (Mississippi) am 21. Juni 1964 durch Ku-Klux-Klan-Mitglieder. 1992 folgte ein weiterer Nebenrollen-Oscar für die Verkörperung des sadistischen Sheriffs in Clint Eastwoods Western "Unforgiven"¹⁾ (Erbarmungslos). Ein Jahr später war Hackman einer der zwiespältigen Mafia-Anwälte in Sidney Pollacks spannenden Justiz-Thriller "The Firm"¹⁾ (1993, Die Firma).

Hackman überzeugte jedoch nicht nur in Western oder Gangsterfilmen, sondern brillierte auch in einigen Komödien; so 1995 neben John Travolta als erfolgloser Filmproduzent Harry Zimm in der Satire "Get Shorty"¹⁾ (Schnappt Shorty²⁾) oder 1996 als konservativer Senator Kevin Keeley in "The Birdcage"¹⁾ (The Birdcage – Ein Paradies für schrille Vögel) an der Seite von Robin Williams und Nathan Lane. Doch immer wieder sind es Thriller oder gesellschaftskritische Streifen, in denen der Star überzeugt, so als Rassist Sam Cayhall, ein Mitglied des Ku-Klux-Klan in vierter Generation, in James Foleys John Grisham-Verfilmung "The Chamber"¹⁾ (1996, Die Kammer²⁾) oder als der im Untergrund arbeitende Überwachungsexperte Brill in Tony Scotts Actionthriller "Enemy of the State"¹⁾ (1998, Der Staatsfeind Nr. 1) mit Will Smith. 
Zu Hackmans jüngeren Kinoproduktionen zählt Stephen Hopkins' subtile Studie über Psychoterror "Under Suspicion"¹⁾ (2000, Under Suspicion – Mörderisches Spiel²⁾), einem Remake von Claude Millers exzellentem Psychothriller "Das Verhör"²⁾ aus dem Jahre 1981 mit Lino Ventura, sowie der spannende Krimi "Heist"¹⁾ (2001, Heist – Der letzte Coup²⁾) mit Danny DeVito als Partner. Für seine herrlich gespielte Rolle des snobistische Royal Tenenbaum in Wes Andersons Tragikomödie "The Royal Tenenbaums"¹⁾ (2001, Die Royal Tenenbaums²⁾) erhielt der Schauspieler einen "Golden Globe" sowie eine neuerliche Oscar-Nominierung. Eine weiteres Highlight mit Hackman war die Komödie "Welcome to Mooseport"¹⁾ (2004, Willkommen in Mooseport²⁾), wo er den Ex-Präsidenten Monroe Cole mimte, der in einem verschlafenen Nest seinen Ruhestand genießen will, dann aber zum Bürgermeister vorgeschlagen wird. Als unerwartet der etwas naive und gutmütige Installateur Handy Harrison (Ray Romano) als Gegenspieler auf den Plan tritt, ist das Chaos vorprogrammiert.
In den letzten Jahren stand Hackman nicht mehr vor der Kamera, im Sommer 2004 hatte er in einem Interview gegenüber Larry King geäußert, dass er sich vom Filmgeschäft zurückziehen wolle.
  
Gene Hackman gehört zweifellos zu den populärsten und anerkanntesten Schauspielern unserer Zeit und hat seit seinem ersten Leinwandauftritt in mehr als 80 Kinofilmen mitgewirkt. Während seiner Filmkarriere blieb er auch immer dem Theater verbunden. Am Broadway war er zuletzt neben Glenn Close und Richard Dreyfuss in dem von Mike Nichols inszenierten "Death And The Maiden" zu bewundern. Seine Auszeichnungen können sich sehen lassen, der zweifach Oscar-prämierte Hackman kann auf vier "Golden Globes" stolz sein, zwei Oscar-Nominierungen und fünf "Golden Globe"-Nominierungen" sowie zahlreiche weitere Preise erhielt er im Laufe seines langen Schaffens vor der Kamera; Siehe die Liste der Auszeichnungen bei Wikipedia.
Auch als Autor machte sich Hackman einen Namen, gemeinsam mit dem Unterwasser-Archäologen Daniel Lenihan schrieb er die drei Romane "Wake of the Perdido Star" (1999), "Justice for None" (2004) und "Escape from Andersonville" (2008).
   
Der Schauspieler war in erster Ehe seit 1956 mit Fay Maltese verheiratet; die Ehe wurde 1986 geschieden und aus dieser Verbindung stammen die Kinder Christopher Allen, Elizabeth Jean und Leslie Anne. Im Dezember 1991 heiratete er erneut und heute lebt der Hollywoodstar mit seiner Frau Betsy Arakawa in Santa Fe (New Mexico).